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布景先容
解析药物小分子与靶标彼此影响在构造上的细节关于药物理性打算相当重要，而基于构造的办法不断依赖于从配体-受体复合物的三维构造中赢得的音信。然而依赖实习的办法赢得配体-复合物的共晶构造不单难度大，况且光阴和花费成本昂扬。分子对接是暂时袭用最为普遍和胜利的基于构造的推算办法之一，它可协助猜测配体分子与靶标之间的彼此影响。通太过子对接能够鉴识具备生物活性、诊疗意义的新式化合物，能够在分子水准上猜测配体-靶标彼此影响，也许形容分子构效相干。在分子对接的原形上，针对靶标举行的大型化合物库的假造挑选，曾经成为觉察具备大概活性的小分子的胜利办法之一。反向分子对接能够用于追寻靶标卵白质，解析大概的药物不良反响。其它，分子在多重药理学（polypharmacology）以及药物重定位（DrugRepositioning）中也有深入的袭用。跟着AI光阴的到来，经过与大数据和深度研习聚集，分子对接在靶标猜测、配体靶标彼此影响能猜测方面表现着不成替换的影响。
暂时协商做事者曾经开辟超越60种不同的对接用具和程序，包含学术免费应用和贸易化软件。罕用的对接用具以下表所示，
称呼
重要开辟者
开辟光阴
FlexX
Rareyetal.
GOLD
Jonesetal.
AutoDock
?sterbergetal.
Cdocker、LigandFit
Venkatachalametal.
Glide
Friesneretal.
AutoDockVina
TrottandOlson
MOE-Dock
Corbeiletal.
LeDock
ZhaoandCaflisch
rDock
Ruiz-Carmonaetal.
UCSFDock
Allenetal.
遵循侯廷*课题组的在年测试做事，AutoDockVina,GOLD以及MOE-Dock猜测结局较好，GOLDandLeDock能够很好设别的确的配体聚集形式。然而，针对不同体制、模子大概存在不同的最优对接计划，须要协商做事者在实际中探究和优化。
接下来，咱们将以MOE软件的对接为案例，简述经过对接赢得配体-卵白质复合物以及在对接的原形长举行假造挑选的历程。MOE对接的过程能够分为4个部份：配体分子库的制备、卵白质预管教/对接口袋定位、分子对接、结局解析。详细细节将经过实际案例举行论述，教程附有两段段教导视频（基于MOE-版录制）。
2案例教导I本次案例教导的宗旨是经过MOE的分子对接赢得Thalianol配体-卵白质复合物的构造。用到的小分子配体（以下图所示）采纳ChemDraw绘制并保管为mol格式，卵白质受体基于氨基酸序列同源模建赢得（详细历程参考MMPS课程同源模建）。
1）制备分子数据库
首先在MOE操纵界面翻开配体小分子，能够看到直接翻开的ChemDraw的小分子文献处于一种极不正当的平面构象。点击界面右边按钮“Minimize”对配体的构造举行简略优化，赢得相对正当的构象。值得一提的是，优化与初始构象相关，赢得的个别能量最优的构象，并不代表这是复合物的中的构象。将优化好的构象保管为mol2格式。
点击菜单栏的File
New
Database，新建一个数据库定名为lig.mdb。在新翻开的数据库界面点击File
Import，在弹出的窗口点击，筛选导入上一步保管的优化构象后的mol2格式小分子配体。导入胜利后的数据库如上图所示，保管数据库。
2）追寻对接口袋
在对接以前须要界说对接口袋，对接口袋的的确与否是可否赢得正当的复合物模子的关键。在MOE中翻开卵白质受体pdb文献，点击菜单栏的Compute
SiteFinder，点击Apply举行对接口袋寻找。赢得结局以下所示。咱们能够经过MOE界面所显示的口袋的场所以及巨细筛选适合的对接口袋，这须要对体制有必然认识。由于卵白质经过同源模建赢得，也能够导入模板卵白质举行叠合，时常而言，配体聚集的位点是相仿的。肯定口袋场所后点击口袋寻找界面的“Dummies”，在口袋场所生成伪原子，这些伪原子界说了口袋的场所。下图中口袋中的球体代表的即是伪原子。
3）分子对接
在筹办好配体和界说好口袋以后能够举行分子对接，点击菜单栏的Compute
Dock。在配置对接参数的界面筛选对接的位点为DummyAtoms，配置配体为MDBfile，并将保管好的分子数据库路线输入到对话框。别的的参数能够保存默许配置，为了提升教程的运转效率，下图将对接的保存模子配置为10。
对接的推算光阴遵循推算资本本能的不同有所不同，或许须要数分钟的光阴，在对接历程中能够看到小分子配体的口袋中构象变动的历程。终究对接的结局以下图，列表曾经遵循聚集的是曲举行排序。评估的准则重要看S，即Score，其值越负代表这个构象的小分子与配体聚集越发密切。
4）结局可视化与解析
右键点击排名第一的分子，筛选SenttoMOE，在跳出的对话框筛选“No”（保存卵白质）。能够看到MOE界面上浮现对接好的分子，在序列对话框中删去伪原子赢得配体-卵白质复合物，将复合物保管为pdb格式。选中配体，点击右边SiteView能够视察到对接口袋中配体卵白质彼此影响的形式，在右边ligand
LigandInteractions，程序给出系统决断的聚集形式。创议聚集二维和三维的彼此影响图举行解析。
3案例教导II在对接的原形上，咱们能够举行假造挑选的操纵。本次假造挑选所针对的靶标卵白质是人源环氧角鲨烯环化酶（OSC，PDBID1W6K），分子数据库起原于Zinc（