对于整篇SCI论文的写作而言，讨论是难写的部分，也是判断论文水平，进而衡量作者水平高低的部分。如果说论文的材料与方法、结果等是摆事实的话，讨论则是讲道理，是对调查或实验过程及其结果的综台分析和理论说明。与论文的其它部分相比，讨论写法的变化幅度最大、也最为灵活，初学者写到此处常有无从着手的困惑。因此，达晋编译下面对讨论部分的内容与形式、思维和语言等多方面进行详述。
一、写讨论的契入点。初学者在撰写讨论部分时，面对诸多的事实、现象、数据和相关文献等资料，感到不知从何下笔。达晋编译认为，可以遵循的一个基本原则就是围绕研究的本身展开。可以针对研究前问题，尽管在前言中已做明确表述，但过于简洁，在讨论部分应充分展开以深化认识；可以针对研究的设计或技术方法，虽然已在材料与方法部分详述，但多限于客观叙述，在讨论部分旨在探讨其深层次的为什么；但更多的是针对研究的结果。
结果是论文的核心部分，是表明研究的价值和阐述作者观点的基础和依据；而价值的揭示和观点的阐述正是讨论部分的主要功能，是基于对结果的解释和说明基础之上的进一步主观分析与推断。还可以针对某一学说、某一理论、某一现象、某一数据等，从理论与事实等多方面展开论述。
讨论部分的撰写并无一定之规，可根据研究的内容、结果的特征、表述的观点、行文的习惯等从各个不同角度契入。医学论文不是诸多科研素材的堆砌和罗列，而是一种知识组织与表达的科学方式。一篇论文会涉及许多的问题，或一个问题的许多方面，它们均可构成讨论的话题；如何将其按照一定的逻辑顺序来组织相关内容，是讨论部分难写之关键所在。
二、讨论部分书写的内容。首先，揭示各种观察结果之间的联系。科学的继承性充分体现在任何研究都不是孤立的，都与前人、他人的工作有着千丝万缕的联系。因此，讨论要将研究及其结果置于一个更为广阔而深远的学术背景之下，而不是孤立地就事论事。将自己与他人的、自己目前与从前的结果进行纵向与横向多方位的比较，进而强调本研究中所发现的新事实、现象、数据。
科学研究贵在创新。从理论上讲如果一个科学问题已经被他人解决，重复再做是没有意义的。但在医学研究中，只有很小比例的研究开创了完全崭新的领域，绝大多数充其量只为判断某一假说正确与否提供些许的证据。因此，要在联系中寻求支持，显现差异，展示新知。
其次，回答前言中提出的拟解决的问题。科学研究严格按照提出问题、分析问题、解决问题的程序进行，体现在论文中就是在前言中明确提出问题，在讨论部分明确回答问题解决得如何，如实验是否成功、假说是否验证等。当然，这种回答不是停留于简单的是与否，而是要从深层次揭示其理性的缘由。因此必须将感性结果与相关理论知识相联系，从中寻求解释，说明某一现象或事实的理论依据。
第三，解释实验或调查中意料之外的特殊现象。自从实验医学诞生以来，医学研究的程序化色彩愈加浓重。表现在研究的设计阶段是要对研究的结果及其意义有一个大致的预测。但在实际研究过程中，会经常遇到许多意料之外的特殊现象。对此，要在讨论部分予以分析和解释，不可避而不谈。事实上，它们往往是非常有意义的新的切入点，深入下去常会有意外偶得。
第四，揭示研究中的缺陷与不足。任何科研活动都不可能是尽善尽美的，但许多问题、缺陷、遗憾可能是存走过一个完整研究历程之后才能意识到，因而有必要在讨论部分对设计上的缺陷、操作上的失误、讨论中的未尽事宜和有待进一步探讨的问题做一提示。这样不仅不会降低论文的学术价值，反而是科学性和可信度的具体体现，对他人的指导意义更大。
三、讨论部分的书写形式。以文字表现思路便构成了论文的结构形式。讨论部分的内容可千差万别，但书写形式不外乎以下两种。一是以若干小标题形式分为几个方面或几个问题展开讨论，这种写法不仅给人以层次分明、思路清晰的感觉，而且使讨论紧扣主题、突出重点、避免面面俱到但显得笼统、离题和分散。二是以自然段落按一定逻辑顺序展开，国内外医学论文多采用这种写法，即结合研究结果从几个方面或几个问题点展开讨论，但既无序号，又没小标题，只是分为若干长短不一的段落。
四、讨论部分的思维特点。科学研究的目的在于揭示事物的本质和规律，研究中所获得的经验层面的感性素材，有赖于进一步的理论升华。其最突出的特点是以丰富联想为特征的发敞思维和以前题为基础的严密逻辑思维，其中的特征具体体现在讨论既不能脱离、偏离结果或研究的本身，要以研究结果为依据，提出令人信服的观点和见解；又不能拘泥于自己的研究结果，应旁征博引，开阔思路，尽量挖掘他人未及之处。
由于讨论部分是对整个研究的综合分析与理论解释，因此，在行文上要非常谨慎，一定要分清自己的所见所获与他人的经验认识、分清感性素材与理性思考、分清确定性的事实与结论问非确定性的现象与推测、分清正面的肯定与反面的否定等，力戒模糊文字。